Kiểm toán thuế VAT là gì? Quy trình & lưu ý chi tiết 2025

Kiểm toán thuế VAT là bước quan trọng giúp doanh nghiệp đảm bảo tuân thủ pháp luật và tránh rủi ro phạt thuế. Bạn đã biết quy trình kiểm toán thuế GTGT chưa? Không chỉ nắm quy trình, bạn còn cần lưu ý các điểm dễ sai sót. Xem ngay để chuẩn bị kỹ lưỡng cho năm 2025!

I. Hiểu đúng bản chất: Kiểm toán thuế VAT là gì?

1. Định nghĩa chính xác về kiểm toán thuế VAT

Kiểm toán thuế VAT (còn gọi là kiểm toán thuế GTGT) là hoạt động do cơ quan thuế thực hiện nhằm rà soát, đánh giá việc tuân thủ pháp luật về thuế giá trị gia tăng tại các doanh nghiệp.

Mục đích chính của quá trình này là kiểm tra độ chính xác của:

• Hồ sơ kê khai thuế

• Sổ sách kế toán có liên quan

• Chứng từ đầu vào, đầu ra liên quan đến thuế GTGT

Hoạt động này giúp phát hiện các sai sót trong kê khai, khấu trừ và hoàn thuế, đồng thời hỗ trợ doanh nghiệp điều chỉnh để tuân thủ đúng quy định của pháp luật về thuế GTGT đầu vào đầu ra.

2. Phân biệt giữa kiểm toán thuế của cơ quan thuế và dịch vụ kiểm toán tài chính – thuế

Để tránh nhầm lẫn, bạn cần phân biệt rõ hai khái niệm sau:

Tiêu chí	Kiểm toán thuế của cơ quan thuế	Dịch vụ kiểm toán tài chính – thuế
Mục đích	Thanh tra, kiểm tra nghĩa vụ thuế	Hỗ trợ doanh nghiệp kiểm tra nội bộ
Đơn vị thực hiện	Cơ quan thuế nhà nước	Công ty kiểm toán độc lập
Tính bắt buộc	Bắt buộc nếu có quyết định từ cơ quan thuế	Tự nguyện, theo nhu cầu doanh nghiệp
Kết quả	Biên bản, quyết định xử lý vi phạm (nếu có)	Báo cáo kiểm toán hỗ trợ quản trị, phòng ngừa rủi ro

Việc hiểu đúng sự khác nhau này sẽ giúp bạn chủ động hơn trong công tác chuẩn bị, cũng như đánh giá tính hợp lệ, minh bạch trong hoạt động thuế của doanh nghiệp mình.

Xem thêm: Kiểm toán thuế và tư vấn thuế: Lối đi vững chắc cho DN

II. Vì sao doanh nghiệp của bạn nằm trong kiểm tra thuế VAT?

1. Các dấu hiệu khiến cơ quan thuế chú ý

Không phải ngẫu nhiên mà doanh nghiệp bạn bị kiểm tra thuế VAT. Có nhiều dấu hiệu rủi ro về thuế khiến cơ quan thuế đưa doanh nghiệp vào diện kiểm toán. Những dấu hiệu phổ biến bao gồm:

• Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ lớn, thường xuyên đề nghị hoàn thuế

• Doanh thu kê khai và doanh thu thực tế có sự chênh lệch bất thường

• Có giao dịch với các doanh nghiệp nằm trong danh sách rủi ro cao về thuế

• Doanh nghiệp liên tục kê khai lỗ nhiều năm, nhưng vẫn tiếp tục mở rộng quy mô hoạt động

Những dấu hiệu trên thường bị phát hiện qua phân tích dữ liệu ngành, so sánh nội bộ hoặc thông tin do bên thứ ba cung cấp. Khi có nghi ngờ về tính tuân thủ thuế GTGT, cơ quan thuế sẽ tiến hành kiểm tra để xác minh.

2. Kiểm toán theo chuyên đề và lựa chọn ngẫu nhiên

Không phải mọi cuộc kiểm toán tuân thủ thuế đều đến từ vi phạm. Thực tế, nhiều doanh nghiệp rơi vào diện kiểm toán do cơ quan thuế áp dụng các hình thức như:

• Kiểm toán theo chuyên đề: tập trung vào một ngành nghề hoặc loại hình kinh doanh cụ thể (ví dụ: bất động sản, xây dựng, xuất nhập khẩu…)

• Chọn mẫu ngẫu nhiên: cơ quan thuế chọn theo tỷ lệ hoặc thuật toán để đảm bảo công bằng trong quản lý thuế

Vì vậy, ngay cả khi doanh nghiệp bạn không có dấu hiệu sai phạm, vẫn có thể nằm trong diện kiểm toán nếu rơi vào nhóm chuyên đề hoặc bị chọn mẫu. Do đó, việc chủ động rà soát và tuân thủ quy định về thuế VAT luôn là chiến lược phòng ngừa rủi ro hiệu quả.

Xem thêm dịch vụ kế toán nội bộ 

III. Toàn cảnh quy trình kiểm toán thuế VAT tại doanh nghiệp năm 2025

1. Bước 1: Tiếp nhận và chuẩn bị theo quyết định kiểm toán

Khi doanh nghiệp nhận được quyết định kiểm toán thuế, đây là giai đoạn quan trọng đầu tiên trong quy trình kiểm toán thuế VAT. Bạn cần:

• Xác định rõ phạm vi kiểm toán: khoảng thời gian, loại thuế, kỳ khai thuế liên quan

• Kiểm tra thời hạn làm việc ghi trong quyết định để chủ động chuẩn bị

• Chỉ định nhân sự phụ trách làm đầu mối tiếp đoàn kiểm toán

• Rà soát sơ bộ hồ sơ, chứng từ kế toán và thuế GTGT

Giai đoạn chuẩn bị này có ảnh hưởng trực tiếp đến quá trình kiểm toán, đặc biệt nếu doanh nghiệp không phản hồi đúng thời hạn hoặc không cung cấp đủ tài liệu theo yêu cầu.

2. Bước 2: Làm việc trực tiếp với đoàn kiểm toán

Trong thời gian làm việc tại doanh nghiệp, đoàn kiểm toán sẽ tiến hành:

• Yêu cầu các hồ sơ kiểm toán thuế, bao gồm: tờ khai thuế GTGT, hóa đơn đầu vào và đầu ra, sổ sách kế toán, hợp đồng, phiếu xuất kho...

• Đối chiếu số liệu giữa kê khai thuế và sổ sách kế toán

• Giải trình các vấn đề phát sinh, đặc biệt là các chênh lệch hoặc nghiệp vụ lớn

Để quá trình này diễn ra hiệu quả, doanh nghiệp cần giữ thái độ hợp tác, trình bày rõ ràng và minh bạch, tránh tạo cảm giác né tránh hay thiếu minh bạch trước cơ quan thuế.

3. Bước 3: Giai đoạn sau kiểm toán – Biên bản và quyết định xử lý

Sau khi hoàn thành quá trình kiểm tra, cơ quan thuế sẽ:

• Lập biên bản kiểm toán, ghi nhận kết quả làm việc và các nội dung đã đối chiếu

• Gửi dự thảo kết luận kiểm toán, doanh nghiệp được quyền phản hồi, giải trình bằng văn bản

• Ban hành quyết định xử lý vi phạm (nếu có) liên quan đến:

  • Truy thu thuế

  • Xử phạt hành chính

  • Điều chỉnh số liệu thuế đã kê khai

Giai đoạn này có ý nghĩa quyết định. Nếu bạn không thống nhất với kết luận, cần phản hồi rõ ràng và cung cấp đầy đủ bằng chứng để giải trình sai sót thuế VAT trước khi quyết định chính thức được ban hành.

Xem chi tiết các dịch vụ kế toán và kiểm toán của IFA tại đây!

IV. Checklist hồ sơ cần chuẩn bị khi bị kiểm toán thuế GTGT

1. Hồ sơ pháp lý và sổ sách kế toán

Để quá trình kiểm toán thuế diễn ra suôn sẻ, bạn cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ pháp lý và sổ sách kế toán. Đây là các tài liệu bắt buộc mà đoàn kiểm toán sẽ yêu cầu kiểm tra ngay trong những buổi làm việc đầu tiên:

• Giấy đăng ký kinh doanh bản sao y công chứng

• Quyết định bổ nhiệm Giám đốc, Kế toán trưởng (nếu có)

• Sổ cái, sổ chi tiết các tài khoản liên quan đến thuế GTGT như:

  • Tài khoản 133 – Thuế GTGT được khấu trừ

  • Tài khoản 3331 – Thuế GTGT phải nộp

• Bảng cân đối kế toán và báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh của kỳ kiểm toán

Việc sắp xếp hồ sơ khoa học và đầy đủ ngay từ đầu sẽ giúp bạn tiết kiệm thời gian giải trình, đồng thời tạo ấn tượng tốt với đoàn kiểm toán.

2. Toàn bộ chứng từ gốc liên quan đến thuế GTGT

Đây là nhóm tài liệu quan trọng nhất trong quá trình kiểm tra thuế VAT, đặc biệt nếu doanh nghiệp bạn có đề nghị hoàn thuế hoặc khấu trừ lớn. Hãy chuẩn bị sẵn các chứng từ sau:

• Tờ khai thuế GTGT hàng tháng hoặc quý và các phụ lục đi kèm

• Hóa đơn giá trị gia tăng đầu vào và đầu ra, bản giấy hoặc bản điện tử có mã xác thực

• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên

• Hợp đồng kinh tế, biên bản nghiệm thu, phiếu xuất kho, bảng kê mua hàng, lệnh chi...

• Biên bản đối chiếu công nợ (nếu phát sinh mua bán ghi nhận công nợ)

Bạn nên đối chiếu toàn bộ chứng từ với sổ sách kế toán và tờ khai thuế trước khi nộp cho đoàn kiểm toán. Điều này giúp giảm nguy cơ bị đánh giá là kê khai thuế VAT sai hoặc thiếu chứng từ hợp lệ.

Xem chi tiết các dịch vụ kế toán và kiểm toán của IFA tại đây!

V. Những sai sót về VAT và cách phòng tránh

1. Lỗi khấu trừ thuế đầu vào không hợp lệ

Đây là lỗi phổ biến nhất dẫn đến bị truy thu và xử lý sai sót thuế VAT. Các doanh nghiệp thường chủ quan trong việc kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn và chứng từ khấu trừ. Một số trường hợp vi phạm điển hình gồm:

• Hóa đơn sai thông tin như tên đơn vị, mã số thuế, địa chỉ, không có chữ ký số hợp lệ

• Hóa đơn mua từ doanh nghiệp bỏ trốn, không còn hoạt động tại thời điểm kiểm tra

• Chi phí không phục vụ sản xuất kinh doanh, ví dụ: quà tặng vượt định mức, chi tiếp khách không đủ hồ sơ hợp lệ

• Chứng từ thanh toán không đúng quy định, thanh toán tiền mặt cho hóa đơn trên 20 triệu đồng

Bạn cần rà soát toàn bộ hóa đơn đầu vào theo đúng quy định tại Thông tư 78/2021/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn liên quan để tránh mất quyền khấu trừ.

2. Kê khai sai thuế suất và thời điểm

Kê khai thuế VAT sai về thuế suất hoặc thời điểm ghi nhận là nguyên nhân gây ra nhiều rắc rối trong kiểm toán thuế GTGT. Các lỗi thường gặp:

• Áp sai thuế suất: nhầm lẫn giữa 0%, 5% và 10% cho cùng loại hàng hóa hoặc dịch vụ

• Ghi nhận doanh thu và kê khai sai kỳ: hóa đơn xuất trễ so với ngày nghiệm thu hoặc bàn giao

• Không khai bổ sung kịp thời khi phát hiện sai sót

Việc kê khai sai khiến số thuế nộp không đúng kỳ, ảnh hưởng trực tiếp đến nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp.

3. Trường hợp thực tế: Sai lầm từ việc không cập nhật luật

Một doanh nghiệp xây dựng tại TP.HCM đã bị truy thu 200 triệu đồng do khấu trừ VAT cho chi phí vật tư không nằm trong dự toán được duyệt. Các chứng từ vẫn còn đó nhưng không khớp với hợp đồng kinh tế gốc.

Nguyên nhân là do doanh nghiệp không cập nhật các quy định mới, dẫn đến sử dụng chứng từ không hợp lệ để kê khai thuế. Đây là bài học đắt giá cho mọi kế toán khi rà soát thuế GTGT định kỳ.

Liên hệ ngay với chúng tôi để được tư vấn chi tiết về dịch vụ kế toán trọn gói và nhận báo giá tốt nhất!

VI. Câu hỏi thường gặp khi kiểm toán thuế VAT

1. Kiểm toán thuế VAT có bắt buộc không?

Không. Kiểm toán thuế VAT không phải là hoạt động định kỳ bắt buộc đối với tất cả doanh nghiệp. Tuy nhiên, khi nhận được quyết định kiểm toán từ cơ quan thuế, doanh nghiệp bắt buộc phải chấp hành theo đúng quy định của pháp luật.

Để chủ động phòng ngừa rủi ro, nhiều doanh nghiệp đã lựa chọn thuê dịch vụ kiểm toán thuế nội bộ từ các đơn vị chuyên nghiệp như IFA nhằm rà soát sớm, tránh bị xử phạt khi bị kiểm tra đột xuất.

2. Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì khi bị kiểm toán VAT đột xuất?

Khi nhận thông báo kiểm toán đột xuất, bạn nên:

• Chỉ định kế toán trưởng hoặc người phụ trách thuế làm đầu mối làm việc với đoàn kiểm toán

• Tập hợp đầy đủ các tờ khai thuế GTGT trong phạm vi bị kiểm toán

• Sắp xếp hồ sơ, chứng từ liên quan: hóa đơn đầu vào, đầu ra, sổ cái, bảng kê khai thuế, hợp đồng, biên bản nghiệm thu...

• Kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn để tránh những sai sót nhỏ dẫn đến mức phạt lớn

Việc chuẩn bị kỹ lưỡng không chỉ giúp quá trình làm việc suôn sẻ mà còn thể hiện sự hợp tác, minh bạch của doanh nghiệp.

3. Thời gian kiểm toán thuế GTGT thường kéo dài bao lâu?

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế, thời gian kiểm toán thuế VAT tại doanh nghiệp không vượt quá 10 ngày làm việc kể từ ngày công bố quyết định kiểm toán.

Trong một số trường hợp phức tạp, thời gian này có thể được gia hạn nhưng không quá thêm 10 ngày làm việc. Việc tuân thủ đúng quy trình và cung cấp tài liệu đầy đủ sẽ giúp bạn rút ngắn tối đa thời gian kiểm toán.

Xem chi tiết: Kế toán trọn gói - Đơn vị cung cấp dịch vụ hàng đầu 2025

Thông tin liên hệ

Nếu bạn có nhu cầu tìm hiểu thêm về dịch vụ kiểm toán báo cáo tài chính, vui lòng liên hệ với chúng tôi qua:

• Trụ sở tại TP. Hồ Chí Minh:
  Tầng 2, Tòa nhà Minh Khang, 120A Trần Kế Xương, P.7, Quận Phú Nhuận.
  Hotline: 0909.294.209 – (028) 3622 2162
  Email: info@ifa.com.vn

• Văn phòng giao dịch: 33 Đặng Thùy Trâm, Phường 13, Bình Thạnh, TP.HCM

• Văn phòng tại Hà Nội:
  Tầng 3, số 46, ngõ 168, Nguyễn Xiển, P. Hạ Đình, Quận Thanh Xuân.
  Hotline: 0909.294.209 – (024) 3209 9066
  Email: hanoi@ifa.com.vn

Website chính thức: ifa.com.vn

Chúng tôi cam kết mang đến dịch vụ kiểm toán chuyên nghiệp và đáng tin cậy, giúp doanh nghiệp của bạn tự tin hơn trong mọi hoạt động tài chính và đối mặt với mọi thách thức của thị trường. Hãy để chúng tôi đồng hành cùng sự phát triển bền vững của bạn!